La résolution demande au Rwanda et à l'Ouganda de retirer toutes leurs troupes "sans délai" et ajoute que d'autres pays devraient en faire de même à chaque étape du processus.
La résolution 1304 a été adoptée en présence de ministres des Affaires étrangères et d'autres responsables de six pays africains impliqués dans le conflit en RDC.
Outre le Rwanda et l'Ouganda qui soutiennent des rebelles au gouvernement du président Laurent-Désiré Kabila, la Namibie, le Zimbabwe et l'Angola soutiennent activement ce gouvernement.
Avant de conclure deux jours de débats consacrés à la RDC, l'ambassadeur de France, Jean-David Lévitte, dont le pays préside en juin le Conseil, a demandé aux participants africains "de ramener chez vous trois mots: la paix, la paix et la paix".
L'ambassadeur britannique Jeremy Greenstock a pour sa part déclaré que "nous avons assez de parties qui disent qu'elles appliquer des accords et qui ne le font pas".
Le Rwanda et l'Ouganda avaient partiellement devancé l'appel onusien en acceptant plus tôt dans la journée de retirer leur troupes à 100 km de la ville de Kisangani, dans le nord-est de la RDC, où leurs forces se sont affrontées durant les six dernières semaines, tuant au moins 160 civils et faisant plus de 1.100 blessés.
Le 8 mai, les présidents rwandais Paul Kagamé et ougandais Yoweri Museveni avaient déjà conclu un accord pour se retirer de Kisangani et permettre à la mission de l'ONU en RDC, la MONUC, de prendre le contrôle de la ville.
Les trois principaux groupes rebelles opposés au président Laurent-Désiré Kabila sont représentés dans les discussions de jeudi et de vendredi. La France, qui préside en juin le Conseil de sécurité, a organisé vendredi un déjeuner de travail pour tous les participants.
Dans la matinée, elle avait fait circuler un projet de résolution demandant un retrait immédiat des soldats ougandais et rwandais de Kisangani et un retrait de l'ensemble de la RDC à partir du 15 juillet.
Le texte ne précise pas de date butoir pour l'achèvement de ce retrait.
Un projet antérieur demandait que le retrait soit achevé le 15 octobre.
Selon des diplomates, la Grande Bretagne et les Etats-Unis s'étaient montrés mécontents que toute la responsabilité de la situation en RDC soit imputée au Rwanda et à l'Ouganda, sans qu'il soit fait mention des trois autres pays africains impliqués dans le conflit.
La Namibie est le seul des pays impliqués dans le conflit à sièger en ce moment au Conseil de sécurité. C'est toutefois un membre non-permanent qui n'a pas de droit de veto sur les décisions du Conseil.
Selon des diplomates, la Namibie demandait qu'une date soit fixée pour l'achèvement du retrait, alors que les Etats-Unis et la Grande-Bretagne s'y opposaient.
Jeudi, l'ambassadeur américain aux Nations Unies Richard Holbrooke avait déclaré qu'un retrait des forces ougandaises et rwandaises ne devrait pas se faire au détriment des inquiétudes légitimes de ces pays en matière de sécurité.
L'Ouganda a affirmé jeudi qu'il était prêt à se retirer de RDC "en une semaine" si les autres belligérants faisaient de même.
Mais le Rwanda a réclamé en préalable des garanties internationales de sécurité pour protéger sa frontière des attaques des miliciens extrémistes hutus responsables du génocide et qui se sont réfugiés en RDC après avoir été chassés du Rwanda en 1994.